当研究開発機構 (CRCT) は、上記の組織図に従って運営されている。簡潔に解説すると、「研究開発委員会」は、理事会によって選定された5名の教授から成り、この委員会の中において、当研究開発機構 (CRCT) のクライアント(依頼者) の要望を実現する上で最も適切な教員・研究員を選任し、研究開発がスタートする。 なお、「外部研究開発委員会」とは、IOND Universityの外部の産官学の各界から、専門的な研究開発の実積を持つ、当研究開発機構 (CRCT) の協力者数名から構成されている。 さらに、「特許情報室」及び「総務法務室」は、研究開発に絡む特許出願及び法律的な問題に関して、そこに所属する弁理士・弁護士が適切なアドバイスを実施する体制を維持している。 最も重要な研究開発資金の調達・配分・会計処理の問題に関しては、「理事会 事務局」が中心となって動き、「評議運営委員会」の公認会計士が事務処理する流れを確立している。 「学術情報センター」は、研究開発に関する最新情報をリアルタイムにクライアント(依頼者)に提供するサービスを行っている。 「大学出版局」は、大手出版社と提携協力して、当研究開発機構 (CRCT) の生み出した斬新な発想及び技術を市販書籍として販売するサービスを行っている。 以上の組織から成る当研究開発機構 (CRCT) は、独自の研究開発を進めているのみならず、米国ペンタゴン及びNASAの関連企業から日本の中小企業へ、その最新技術を導入・移転する事を進めている。それにより、日本の中小企業の国際競争力を高め、売上高及び生産性を伸ばし、研究開発コストの削減を達成してきた。また、日本のベンチャー企業の経営者に対しては、その技術面での支援を行っている。